La sección femenina y sus categorías formativas tienen sus antecedentes en el Club Deportivo TACON, fundado el 12 de septiembre de 2014 por Ana Rossell con el fin de crear un equipo de fútbol femenino desde el ámbito formativo, camiseta fútbol para que toda niña que desease jugar al fútbol pudiera hacerlo. 10 de agosto de 2014 F.C. Tras la finalización del torneo y luego de tomar al equipo en la penúltima posición y en pocos meses, terminar primero junto a su clásico rival, el chileno Fernando Díaz deja el cargo y en el torneo Clausura 2014 asume el puesto el uruguayo Aníbal Ruiz, con quien luego de una mala primera fase, el equipo entra en los últimos lugares a la liguilla y logra llegar a una final más, donde termina siendo superado por Comunicaciones. El Torneo Apertura 2016 marcó una nueva frustración para Municipal, pues a pesar de finalizar primero en la tabla general y haber logrado dos victorias ante el rival de siempre, no logró hacerse con la corona. En este torneo Municipal mejoró sus resultados respecto al anterior, finalizando segundo en la clasificación general y accediendo directamente a semifinales; en las semifinales fue eliminado por Comunicaciones, con un resultado de 2-2 en el global, pero prevaleciendo el gol de visitante anotado por Comunicaciones en el juego de vuelta.
Para el Apertura 2015, la junta directiva presenta al costarricense Mauricio Wright, quien no logró los resultados esperados y fue destituido antes de finalizar el torneo; Municipal finalizó el torneo dirigido por el entrenador de fuerzas básicas, Gustavo Machaín, finalizando séptimo el la clasificación general y quedando al margen de disputa por el título. Por esta razón renuncia Habbeger y la directiva contrata al uruguayo Manuel Keosseian. Semanas después, la directiva del club nombra como entrenador por segunda ocasión al argentino Enzo Trossero, quien ya había tenido una época gloriosa con el equipo logrando un pentacampeonato. Luego de obtener el título, el 6 de mayo de 2010 Keosseián renuncia a la dirección técnica para convertirse en entrenador del Peñarol de Uruguay. Luego de un año sin ganar ningún torneo, la entidad contrató al entrenador argentino Jorge Habegger, que logra llevar al equipo a otra final del campeonato contra Comunicaciones, los Rojos se imponen por un gol a cero en el partido de ida y empatan sin anotaciones en el encuentro de vuelta, coronándose nuevamente como campeones. En categoría juvenil, el Atlético de Madrid ha sido dos veces Campeón de Campeones y otra subcampeón, cinco veces campeón de la Copa del Rey y diez veces campeón de Liga de División de Honor.
Pronto se vio que el retorno a Tercera División era inevitable, futbol camisetas como así fue. Tres escuelas en la División I-A actualmente usan dos postes en lugar de uno en sus estadios: Florida State, LSU, y Washington State. La ofrenda está encabezada por la primera y segunda plantilla del club y tiene lugar en la parroquia de San Sebastián de Carabanchel, situada en la calle del Amanecer número 1. Cualquier persona que quiera puede asistir a presenciar dicha ofrenda. Luego de esto, se dio el regreso de Horacio Cordero, quien consigue el título número 26 en la historia de la institución deportiva. Debido a esto, el técnico Ruiz es destituido y llegaría el uruguayo Manuel Keosseian para el Apertura 2014, quien fracasaría en este torneo y también sería despedido. El 18 de diciembre de 2011 se proclamó campeón en el torneo Apertura 2011 llegando así a 29 torneos de liga, ganándole al Comunicaciones por marcador global de 4 a 0. En el Clausura 2012, llega a la final y se enfrenta al Xelajú M.C., Municipal gana el juego de ida en el Estadio Mateo Flores 2 a 1, pero en el partido de vuelta en el Mario Camposeco, cae derrotado 1 a 2, y después de los tiempos extras, es vencido en penales.
↑ «El Mirandés gana en los penaltis» (4 de agosto edición). ↑ En los Torneo del Interior (Argentino C) 2008, 2009 y 2010, participó fusionado con el Club Atlético Ayacucho, bajo el nombre de Atlético-Defensores Ayacucho. En el Apertura 2010, Municipal disputó una nueva final a doble partido contra Comunicaciones, en ambos encuentros terminó empatado el marcador, en el juego de ida a un gol, y en el de vuelta a dos goles. Participó en 31 encuentros con los Trotters, y se convirtió en uno de sus referentes sobre el césped. Ivica Dragutinovic le intentó sacar la lengua, de forma que no se la tragara. De la mano de este el equipo consigue ganar 5 torneos de liga de forma consecutiva y una Copa Uncaf en 2004, marcando una de las épocas más gloriosas de la institución. Aunque a nivel de selección, fueron los veteranos que comandaron con su experiencia a la selección canalera que clasificó a su primera participación en la Copa Mundial de Fútbol. Nunca antes la selección había recibido tres goles en contra estando Clemente de seleccionador. La «sequía» de títulos finalizó en el Clausura 2017, cuando los rojos, luego de finalizar el torneo en el primer lugar, lograron vencer al cuadro de Guastatoya en la serie final con un marcador agregado de 2-0, con goles de Carlos Kamiani y Gastón Puerari.