Fue sustituido en 2021 por el Grupo III de la Tercera RFEF, camiseta de futbol 2024 quinto nivel del sistema de ligas de fútbol de España. En 1996 el club obtuvo sus primeros títulos al ganar el primer lugar a nivel de clubes en las categorías escuela, novicio, federado B y federado A. Durante este año, la rama consiguió además su primer título internacional, en San Juan, Argentina. Si bien existían antecedentes, la rama de patín carrera de Colo-Colo fue fundada formalmente el 15 de agosto de 1993, con el objetivo de promover este deporte en el país. Tras la declaración de quiebra de Colo-Colo en 2002, la rama sufrió numerosas dificultades económicas, ante lo cual en octubre de 2003 obtuvo personalidad jurídica propia y pasó a denominarse Club Deportivo de Patín Carrera Colo-Colo, desvinculándose administrativa y financieramente del Club Social y Deportivo Colo-Colo. A lo largo de su historia, el Club Social y Deportivo Colo-Colo ha tenido presencia en diversas disciplinas deportivas, entre las que es posible mencionar el tenis de mesa, el básquetbol femenino y masculino, la natación, la equitación, el squash, el patinaje artístico, el boxeo, el rugby, el polo, la esgrima, el automovilismo, el ciclismo, el bicicrós, el voleibol, el atletismo, el hockey sobre patín y el ajedrez.
Por un lado, una parte de los socios abogaba por la creación de diversas secciones deportivas, así como el fortalecimiento institucional y financiero de estas. Pese al éxito deportivo, a causa de los saldos económicos pendientes, antecedentes a la quiebra de Colo-Colo, la división sub-23 fue eliminada en el año 2001. Tras regular su situación financiera, el club decidió reponer el equipo B en el año 2007, con el objetivo de darles continuidad a sus futbolistas de proyección con encuentros más exigentes que los del Torneo de Cadetes y por otro lado, buscar en sus contrincantes elementos que pudiesen integrar las divisiones menores del club a fin de integrarlos definitivamente o comercializarlos. Diversos estudios de opinión pública ubican a Colo-Colo como el club de fútbol con mayor cantidad de simpatizantes en Chile. Ubicada ente la Primera B y la Tercera División, la Segunda División fue concebida para dar mayor roce a los futbolistas de proyección, así como también a los jugadores del plantel profesional que no son considerados en el primer equipo. Adicionalmente, a finales de ese mismo año, fue constituido formalmente el equipo de fútbol en esta modalidad, a fin de integrarse al Campeonato Nacional de Fútbol Femenino, competición de carácter profesional organizada por la Asociación Nacional de Fútbol Profesional (ANFP).
En 2000 se coronó campeón nacional en las categorías de alta competición y escuela. La principal escuela es la Escuela Monumental, que funciona en las canchas de entrenamiento del estadio. Finalmente se enfrentó a la selección local que venía motivada por las victorias ante Arabia Saudita y Egipto (5 a 0 y 3 a 1 respectivamente), a pesar de esto, Uruguay logró vencer al anfitrión por 3 goles a 0, cerrando de esta forma su participación en fase de grupos y clasificando a octavos de final con la totalidad de los puntos ganados y con la valla invicta. Mientras que en el torneo de Liga Clausura 2018 el equipo calificó a la liguilla en tercer lugar, pero fue eliminado rápidamente en cuartos de final por el Tijuana, empatando 1-1 en la ida en el Estadio Caliente y perdiendo de local en la vuelta 1-2. Un par de días después de la eliminación se hizo oficial la renuncia de Antonio Mohamed de la dirección técnica del equipo.
En el anterior encuentro, el local Libia, derrotó 3:0 a Comoras en la clasificación, jugó en el Stade el 26 de marzo en Bamako (Mali), la reubicación era necesaria debido a la continua guerra, por lo que el estadio Petro Sport de El Cairo se convirtió en el lugar. Tal fue el caso de la creación de la rama de polo por parte de la directiva encabezada por el grupo económico BHC en 1976. La decisión de la directiva interventora fue criticada desde varios frentes ligados a la institución, al considerar que el polo, deporte vinculado a los sectores pudientes de la sociedad chilena, no se ajustaba a la identidad de Colo-Colo, tradicionalmente asociado con los sectores populares. En marzo de 2014 la Corporación Club Social y Deportivo Colo-Colo decidió refundar la rama de básquetbol profesional e inscribirla en la Liga de Básquetbol del Centro de Chile. Durante sus primeros años, el centro de entrenamiento de las categorías inferiores del club se situaba en el Estadio El Llano, para posteriormente trasladarse a los Campos de Sports de Ñuñoa. En tanto que, el centro de encuestas del diario La Tercera, en un sondeo realizado en abril de 2008, le otorgó un 46 % de las preferencias, 17 puntos sobre el segundo ubicado, mientras que el mismo estudio realizado en 2006, también lo ubicó primero con 35 % de las adherencias.